“时间印记”分为世界动画主题展区和中国动画主题展区，它就像一台神奇的时光机，带领人们回顾动漫发展历程，重温那些陪伴过自己的经典动漫，感受岁月沉淀下的动漫魅力。
世界动漫主题展区
世界动漫主题馆作为南京动漫科普馆中一颗璀璨的明珠，是集典藏展示与科普教育于一体的特色展馆。步入馆内，仿佛踏入了一个跨越时空的动漫艺术长廊，这里精心规划了多个主题展区，包括世界动画发展史展区、数字人酷漫展区、世界动画大师展区、AR元空间展区以及静谧的阅览区，生动而全面地呈现了世界动漫艺术的发展历程，让每一位参观者都能在这里找到属于自己的动漫情怀，感受动漫艺术的无限魅力。
中国动漫主题展区
中国动漫主题展区是南京动漫科普馆内以中国动画为主题打造的特色展馆，馆内包括中国动画发展史区域、中国动画大师区域、中国动画类型区域、中国动漫手办模型区域、中国经典动画影片等。在中国动漫主题馆内，可以看到中国最早的动画片《大闹画室》的片段、中国水墨动画的代表作品《小蝌蚪找妈妈》、到20世纪80年代的经典动画《黑猫警长》等近千部国产经典动画，了解到中国动画发展史中最代表性艺术家如万氏兄弟、钱家骏、虞哲光等人的生平事迹，配合影音素材，感受到中国动画人创立的辉煌。
